每到糧食豐收的季節，秸稈如何處理是農民最為頭疼的問題，以前大多數農民處理秸稈的方式是就地焚燒，但秸稈焚燒產生的濃煙，不僅對空氣造成了嚴重污染，還影響人們的身心健康，所以國家大力禁止秸稈焚燒，推進秸稈還田。雖然秸稈還田能改善環境質量，帶來一定的生態效益，但也存在一定的危害。
一、病蟲害增加
農業最怕的除了自然天氣這些不可控的影響因素之外，就是病蟲害。秸稈中含有大量的幼蟲，且利用秸稈粉碎機很難殺滅。秸稈還田時，幼蟲又會被帶到土壤中。借著第二年翻土的機會，幼蟲會慢慢長成成蟲，成為作物保產增產的一種隱患，甚至還會導致作物大幅減產。
二、降解周期長
還田的秸稈一般留在土壤表層，難以深入地下，且需要很長時間才能降解，播種時又會阻擋播種機下種，導致播種不均勻。另外秸稈還田后，土壤過于松軟，難以控制播種的深度，將造成出苗不齊、阻擋種子出苗長等現象。
三、生態位競爭
如果秸稈還田量過大或翻入土壤不均勻，將導致土壤微生物與作物幼苗爭奪養分，影響幼苗生長。同時秸稈中的草籽、病菌在翻耕過程中留在田里，也會與作物生長產生競爭，影響作物吸收營養，進而導致作物減產。
秸稈還田帶來的生態效益有目共睹，但其中存在的弊端也絕不能忽視，否則土地的狀況將越變越壞，農民的收益將越來越少。
